Если на чанке присутствует большое количество мобов, не обозначенных биркой, то сервер сокращает их количество до определенного лимита на площадь 16х16 блоков (если не ошибаюсь, это правило не действует на жителей). Сей процесс осуществляется только на тех чанках, которые не прогружаются игроком в конкретный момент. Это сделано ради защиты от лагов стабильности TPS, так как мобы влияют на данный показатель. Поэтому исчезновение некоторых животных после выхода игрока с сервера багом не является.
Для надежности рекомендуется уменьшить кол-во животных на чанк и расположить их на более широкой местности